Affile, patria del Cesanese, affonda la sua storia in radici profonde, più antiche di Roma; essa si trova al confine tra i territori degli Equi e degli Ernici, popolazioni italiche che hanno dato molto filo da torcere ai Romani prima di essere soggiogate.
Anche ad Affile, come in molte altre cittadine della Valle d’Aniene e della Ciociaria, si trova un tratto di mura poligonali (o pelasgiche) , sebbene la prima vera e propria menzione compare nel I secolo d.c., nell’opera “De Coloniis” di Frontino, che scrive: “ Afile oppidum Lege Sempronia in centuriis et in lacineis ager eius est adsignatua. Iter popoulo non debetur “.
Il territorio di Affile in epoca Romana, era quindi suddiviso in lotti tra centurie e proprietà privata, dove passava la via era esonerata dall’obbligo di pagare al demanio la servitù di passaggio; molto probabilmente il villaggio comprendeva la zona tra piazza San Sebastiano e la chiesa di San Pietro, zona del cimitero inclusa.
Si dice che la cittadina avesse un arco trionfale ed addirittura un anfiteatro, ma non sono mai state trovate tracce o prove archeologiche che possano confutare questa ipotesi, molto probabilmente Affile ricopriva un ruolo secondario, come oppidum agricolo, così come si evince dalle testimonianze storiche, parzialmente visibili, del vecchio abitato Romano.
Affile ospita tra l’altro un’antica cisterna, detta la “cicerara” ed alcuni muri sopra cui si edificò in epoca medievale, come era uso per recuperare materiale; e proprio durante i tempi bui dell’anno mille che iniziò a svilupparsi il borgo fortificato, quando dopo la caduta di Roma, anche i centri montani cominciarono ad essere raggiunti dalle invasioni, in particolar modo quelle Saracene.
Una di queste incursioni avvenne nella zona dei Monasteri, causando gravi danni e costringendo molti a fuggire sopra le montagne, dando probabilmente origine anche all’abitato di “Roccasecca” tra Affile e Roiate, andato totalmente distrutto, di cui rimangono solo alcuni ruderi.
Il paese andò verso una ripresa economica importante, si cominciarono a edificare chiese, come per esempio quella di S.Angelo “Supra Cisternam”, così chiamata per essere stata costruita sopra la cisterna romana, scelta sia per la capacità di approvvigionamento di acqua, che per la solidità con cui notoriamente i Romani edificavano le proprie opere, fondamenta quindi idonee, a sorreggere la chiesa; Così anche per la chiesa di S.Maria in Affile, costruita sopra strutture di epoca antecedente.
Il paese andava affermandosi, anche grazie alla presenza di un castello, come testimoniato in un dipinto del 1200 che mostra la chiesa di San Pietro con le case e la fortificazione che aveva due torri, dove probabilmente visse Ildemondo, signorotto, che entrò in contrasto con Papa Pasquale II, che lo destituì consegnando Affile e altri territori all’Abate di Subiaco.
Durante la dura battaglia, tenutasi nel 1109, Ildemondo si ritirò ad Arcinazzo Romano (Arx Pontiae, allora sotto il suo dominio) ed Affile cadde facilmente preda delle truppe pontifice; il Papa in un primo momento voleva radere al suolo le mura, ma decise di risparmiarle per non distruggere anche le case degli abitanti, addossate a quest’ultime, ciò avrebbe creato dei profughi, che poi sarebbero dovuti essere mantenuti o risarciti dall’Abate; in compenso fu fatta radere al suolo la fortezza di Monte Altuino.
Ildemondo continuò a esercitare potere,la sua famiglia venne scacciata definitivamente nel 1176, quando il territorio di Affile divenne definitivamente proprietà dell’Abbazia.